RISOLTO: copiando la cartella dalla partizione NTFS a quella di Linux.
Guarda, non so quanto tu abbia risolto

Mi auguro per te che il software sia rilasciato in un'unica versione per tutti i sistemi operativi, altrimenti non è detto che funzionerà.
Marco... se invece volessi estendere la partizione di linux a discapito di quella NTFS come posso fare senza perdere i dati?
Non è detto che funzionerà, soprattutto se la partizione in NTFS è piccola e lo spazio che richiedi è grande (in proporzione).
Se hai dati importanti su windows, fai un backup:
http://clonezilla.org/Se la partizione è "vecchia" prima di ridurre lo spazio deframmenterei.
Dopo di che la partizionerei.
Cmq...hai veramente bisogno di questa cosa? Da linux puoi scrivere tranquillamente sulle partizioni ntfs...con ntfs-3g.