Il 3 giugno viene ingaggiato dallo Standard Liegi in veste di vice-allenatore. Lascia il ruolo il 6 giugno 2011. Il 2 gennaio 2012 è stato chiamato a sostituire Daúto Faquirá sulla panchina dell'Olhanense. Conclude il campionato all'undicesimo posto ottenendo la salvezza. Viene eliminato nella Coppa di Portogallo al quarto turno dal Paços de Ferreira per 2 a 1. Il 7 gennaio 2013 dopo la vittoria per 1 a 0 contro Rio Ave e con la squadra all'ottavo posto in campionato si dimette. L'8 aprile è chiamato ad allenare la squadra della sua città, ovvero l'Académica.
Il 26 maggio 2014 viene nominato allenatore del Braga per i successivi due anni. Conclude il campionato al quarto posto con accesso all'Europa League e perde la finale della Coppa di Portogallo contro lo Sporting Lisbona ai calci di rigore. Il 30 giugno 2015 il presidente António Salvador lo esonera.
L'8 dicembre 2016 diventa allenatore del Nantes firmando un contratto biennale in sostituzione dell'esonerato René Girard, prende la squadra al penultimo posto in campionato. Il 2 maggio 2017 dopo aver conquistato 35 punti in 18 partite e con la squadra all'ottavo posto, a campionato in corso il club francese gli rinnova il contratto per tre anni.
Il 6 giugno decide di lasciare il club francese per accettare l'offerta del Porto, a cui, due giorni dopo, si lega per due stagioni. Al primo anno vince subito il campionato, mentre al secondo si aggiudica solo la Supercoppa nazionale poiché in Primeira Liga si piazza secondo dietro al Benfica per soli due punti e perde entrambe le finali di coppa (Coppa del Portogallo e Coppa di Lega portoghese) contro lo Sporting Lisbona (l'anno prima era arrivato in semifinale). In UEFA Champions League il Porto di Conceição viene eliminato per due volte dal Liverpool, nel 2017-2018 agli ottavi di finale e nel 2018-2019 ai quarti. Nel 2019-2020 la squadra esce al terzo turno della Champions contro il Krasnodar, retrocedendo in Europa League: qui vince il girone, ma viene eliminata ai sedicesimi di finale dal Bayer Leverkusen. Nel 2020-2021, in occasione del successo per 3-1 contro il Braga del settembre 2020, diventa l'allenatore ad avere vinto più partite nella storia dei Dragoes, superando il precedente primato di Jesualdo Ferreira (67). In Champions, dopo avere eliminato la Juventus agli ottavi, si ferma ai quarti di finale in cui viene estromesso dal Chelsea nonostante avesse vinto 0-1 a Stamford Bridge al ritorno per via della sconfitta per 0-2 al Do Dragão dell'andata.